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Mutagénese sítio-dirigida ou mutagénese sítio-específica é uma metodologia de biologia molecular usada para realizar alterações específicas e intencionais na sequência de ADN. Essa metodologia possui aplicações na pesquisa básica, para investigar a estrutura e atividade biológica de genes, moléculas de ARN e proteínas; e também na pesquisa aplicada, como parte do processo a engenharia e design de proteínas.